
La más polémica tarea de estas exhumaciones, está ligada a los miles de restos esqueléticos de los soldados Waffen SS reclutados o voluntarios de otros países europeos que también están siendo exhumados y enterrados de nuevo. La operación se realiza por toda Europa del Este.
El resentimiento contra el programa exhumación y re-entierro nace en muchos países. Hasta ahora 520.000 esqueletos han sido exhumados de tumbas, fosas comunes, viejas trincheras y cementerios de guerra no señalizados, estos restos son enterrados de nuevo en cementerios alemanes de guerra correctamente mantenidos. Los restantes 400,000 restos serán exhumados durante los próximos ocho años. Al menos 100.000 será de nuevo enterrados de nuevo después de esto.
Equipos alemanes de exhumación recuperan esqueletos de la batalla mecanizada más grande de la segunda Guerra Mundial: la Batalla de Kursk en la Unión Soviética, en la cual miles de soldados de Wehrmacht murieron. El primer cementerio de guerra alemán de Kursk fue abierto en 2009. Operaciones de exhumación en masas también se están realizando en otros campos de batalla claves, incluyendo Stalingrado (hoy Volgogrado). Pero el proyecto de re entierro ha sido perseguido por la controversia y la desconfianza.
En Polonia, autoridades comprueban sistemáticamente las etiquetas de identificación de cada soldado alemán enterrado de nuevo para asegurar que los nombres de criminales de guerra no aparecen en los monumentos de guerra alemanes. En Bielorrusia y la República Checa no hay todavía ningún acuerdo que cubra las exhumaciones y re entierros de los soldados alemanes en cementerios militares. Solo en Bielorrusia, donde el 25 % de la población fue muerta en la Segunda Guerra Mundial, sólo 2.000 de 150.000 restos de soldados alemanes muertos en la guerra fueron enterrados de nuevo.
Esto tarea supuso seis años de negociaciones con la Rusia del sur, para aliviar miedos de que un cementerio militar podría glorificar a soldados alemanes enterrados allí. Finalmente, concedieron el permiso para construir un cementerio militar en Krasnodar, en el Cáucaso, que abrirá pronto. En otras partes de Rusia, la controversia ha rodeado el re entierro de varios cientos de holandeses de las Waffen SS.
Se cree que el Gobierno holandés rechazó ayudar a encontrar y exhumar los restos de parientes, afirmando que todos los holandeses que se unieron al NSDAP, automáticamente había perdido su ciudadanía holandesa y eran por lo tanto una responsabilidad alemana. El destino de los colaboradores rusos que lucharon en el lado alemán en la guerra, también es muy polémico. Ha sido imposible informar a sus parientes y descendientes porque las autoridades rusas no reconocen a estos colaboracionistas como rusos.